สำนักงานอธิการบดี มีการบริหารจัดการขยะ โดยจัดจุดรองรับขยะแยกประเภท ในพื้นที่อาคาร และมีการคัดแยกขยะ ทำการบันทึกปริมาณขยะประจำวัน ก่อนส่งไปกำจัด โดยมีรถจัดเก็บขยะจากเทศบาลเมืองแม่โจ้ มาเก็บทุกวัน